《药师经》书中除了有药师如来的十二大誓愿以及怎么修炼，还有一段咒语。通常咒语都是梵文发音的，因为汉语不能清除地表达出它的意思，所以，才用梵文去发音，这段咒语也是很重要同时也是会对我们有很大的帮助。
很多在没有修行或者初步修行的时候，在念到《药师经》心咒的时候，都读不懂它是什么意思，不过这也是非常正常的，本来要明白药师所包含的知识就已经不是很简单的了，而咒语不是我们熟悉的文字，如果我们想要强行理解，肯定是很难的。因此我们在念到咒语的时候，每个人的想法都不一样，所以随着自己的领悟就可以。
修行《药师经》修行的是我们的内心，而不是外表的东西有所改变，要是我们的心里面总是想着不好的事情，外在自然也是更加不好改变的。它的作用很大，能让我们理解到如何用药师经来治病，如何发愿，如何回向。如果我们的心境得到提升了，那么说明我们是学习到里面的知识了。
药师经的功德利益有什么？药师经心咒是含有很大的能量，尽管咒语这一段是很短的，我们也很难理解它的意思，但是在修行的过程中，我们也需要虔诚恭敬地将咒语的每一字念完。不明白咒语的意思也没有关系，只要你用心了，渐渐的自己就会有独特的理解。
