第一大愿，正报庄严 --- 相好如我愿：“愿我来世成佛时，自身能放大光明，炽然遍照无量无边世界，并以三十二相，八十随形好，圆满庄严自己的佛身，而且令一切众生，皆如我一样庄严。”
第二大愿：身光破暗 --- 身光利他愿：“愿我来世成佛时，身如琉璃宝玉，智光内外明彻，净无瑕秽，光明广大，遍一切处，功德无量，如山巍巍，善能安住此琉璃光身于庄严焰网中，佛光遍照，胜过日月，能使幽冥众生，皆受开晓，并能随心所欲地做一切事业。”
第三大愿：智慧资生 --- 受用智遍愿：“愿我来世成佛时，以无量无边的智慧，起无量无边的方便妙用，随机设法，施物资济一切有情众生，令其受用无尽，生活丰裕没有缺乏。”
第四大愿：道入大乘 --- 安住菩提愿：“愿我来世成佛时，欲使一切行邪道的有情众生，舍邪归正，安住于菩提正觉之道。并且对于行声闻独觉的小乘众生，或已证果，或未证果，皆使其由二乘心，转而安住于大乘法中，一入永入，不令退堕。”
第五大愿：得戒清净 --- 三聚清净愿：“愿我来世成佛时，若有无量无边的众生，于我药师法中，修清净行，我皆令行者圆满不缺戒，而能具足三聚戒。若一时迷昧而毁犯戒法，也能由于闻我药师佛名，还可得到清净，不至于堕入恶道中。”
第六大愿：得身健美 --- 六根完具愿：“愿我来世成佛时，若众生身体残缺不全，五官不正，丑陋愚笨，眼瞎耳聋，声音沙哑不能说话，两手弯曲不直，两足俱废，或是驼背，精神失常等种种病苦，只要闻我药师如来的名号，一切众生皆能得到救治，变得端正聪明，五官完整，没有任何疾病痛苦。”
第七大愿：安康乐道 --- 除病离贫愿：“愿我来世成佛时，若众生受众病逼迫痛苦，而无人救治，无所依托，没钱送医买药，没有亲人服侍照顾，贫穷多苦。如此病痛贫苦之人，若闻我药师如来名号，即可众病消除，身心安乐，家属资财丰饶，乃至精进修行，直到证得无上菩提。”
第八大愿：转女成男愿：“愿我来世成佛时，若有女人受女身的种种不变而非常烦恼，产生厌离心，想解脱这个女身，此人若闻我药师如来名号，下一世皆能转女成男，具足丈夫相，乃至精进修行，直到证得无上菩提。”
第九大愿：改邪归正愿：“愿我来世成佛时，令一切众生都能出离恶魔的罗网，解脱一切外道邪见的缠缚，若是误入种种外道魔见，也要将他们引导摄受于正见的佛法中，令他们渐渐修习所有菩萨六度万行之正见，而能速证无上正等菩提。”
第十大愿：解脱忧苦 --- 免难消灾愿：“愿我来世成佛时，若一切众生受到国家法律的制裁，被绳锁捆绑鞭打刑问，监禁于狱中，或将受死刑等其他无量的灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦，此人若闻我药师如来名号，则能感佛福德威神力，而业果转善，心得安定，解脱一切忧苦。”
第十一大愿：得妙饮食 --- 虚腹满食愿：“愿我来世成佛时，若有众生受饥渴所苦恼，为求饮食而去造了种种的恶业，此人若闻我药师如来名号，专心意念，信受奉持，那么我当先以上好美妙的饮食，让他饱足，然后再以无上的佛法，除其烦恼，令他安立于究竟解脱的法喜中。”
第十二大愿：得妙衣服 --- 裸形严饰愿：“愿我来世成佛时，若有众生因为贫穷，没有遮身卫体的衣服，昼夜不停地受蚊虻寒热等侵扰，此人若闻我药师如来名号，一心意念，信受奉持，既能感应佛力加被，而如心所愿，得到种种美丽庄严的衣服，并且也能得到一切庄严宝物，花鬘涂香，歌舞音乐，娱乐人生，随意所欲，游戏自在，受用庄严，生活丰足。”
这是那位东方净土的药师琉璃光如来、应、正等觉，在因地行菩萨道时，所发的十二微妙大愿。
这些就是本篇药师经十二大愿解释的所有内容，药师佛的十二大愿是药师经中非常重要的一部分，在我们对其中每一个愿望都有清晰的认识以后，自己对于药师经主要讲什么 就会有更加深刻的认识，这些对于自己的提升都是非常有帮助的。
