念药师经和念药师咒的区别其实不大，因为药师咒是出自药师经的，所以只是一个效果大一个效果小，一个念诵时间长一个念诵时间短的区别而已。念诵药师经还是药师咒，还是两者一起念，大家可以选择自己喜欢的方式。
需要注意的是在念诵药师经或者药师咒时，一定要内心平静才可以，如果内心很浮躁，心里想的事情很多，就无法做到心无旁骛，这样念的无论是药师经还是药师咒，效果都不会大的。
念诵药师经，庙里经常用药师咒来给众生治病的住持，念诵药师经可能只需要半小时，经常讲解药师经的法师可能需要四十多分钟，而经常念诵药师经的我们，可以达到一小时就已经很不错了。而药师咒念诵不超过五分钟，是很快的。所以大家在选择念药师经还是药师咒时，可以根据自己的空闲时间来选择。
空闲时间长的人，可以选择读药师经治病，因为药师经的效果比药师咒的效果大很多。药师经也是可以选择分成好几部分念的，这个也是根据个人来分的。经常念诵药师经和药师咒的好处都很多。以上个人见解，如有不对还请各位师兄指出。
